Когда началась русско-турецкая война 1787-1792 годов, Ушаков командовал линкором «Святой Павел». В 1789 году он стал контр-адмиралом. С 1790 года являлся командующим Черноморским флотом. В 1793 году Ушаков был произведен в вице-адмиралы. С 1798 по 1800 год Ушаков командовал российским флотом в Средиземном море. В 1799 году произведён в адмиралы флота.

Федор Ушаков не потерял в боях ни одного корабля, ни один его подчиненный не попал в плен. Ушаков одержал победу в 43 морских сражениях и ни одного поражения не потерпел.

В 1807 году Ушаков вышел в отставку и жил в своем имении в деревне Алексеевка (ныне Республика Мордовия). В годы жизни в имении он посвятил себя молитве и широкой благотворительной деятельности.

Фёдор Фёдорович за свои выдающиеся заслуги перед Отечеством удостаивался Ордена Святого Владимира (1784 и 1788 годы), Ордена Святого Георгия (1788 и 1790), Ордена Святого Александра Невского (1791), Алмазных знаков Ордена Святого Александра Невского (1798), а также многих других орденов и медалей. Умер великий флотоводец Федор Федорович Ушаков 14 октября 1817 года в своем имении в Алексеевке.

В 2001 году Русской православной церковью причислен к лику святых как праведный воин Феодор Ушаков.

Федор Ушаков почитается как святой покровитель российского военно-морского флота (с 2000 года) и стратегических военно-воздушных сил (с 2005 года).

В 1943 году были учреждены орден Ушакова двух степеней и медаль Ушакова. Имя Ушакова носили и носят боевые корабли Военно-Морского Флота, в том числе атомный крейсер «Адмирал Ушаков». Его именем названы улицы и площади в городах, военно-морские учебные заведения, установлены памятники в разных городах. Память об адмирале Ушакове чтут не только в России, но и в других странах.