Наступление войск Красной армии на Кёнигсберг началось утром 6 апреля 1945 года. Для прорыва Кёнигсбергского укреплённого района вермахта и штурма города Кёнигсберга были созданы 26 штурмовых отрядов и 104 штурмовые группы — как из стрелковых частей, так и из инженерных войск (в составе десяти инженерно-сапёрных бригад, трёх штурмовых инженерно-сапёрных бригад, двух моторизованных инженерных бригад и одной понтонной бригады).

Кроме того, в штурме участвовали советские химические войска — 7 отдельных огнемётных батальонов, 3 батальона химической защиты, рота фугасных огнемётов и 5 отдельных рот ранцевых огнемётов. Кроме того, в составе штурмовых инженерно-сапёрных бригад резерва Верховного Главнокомандования в операции участвовали ещё три отдельных батальона ранцевых огнемётов. Эти подразделения были распределены по штурмовым отрядам и штурмовым группам. Во время штурма крепости их роль была огромной, не случайно по итогам операции почти все огнемётные батальоны и роты были удостоены орденов или почётных наименований «Кёнигсбергские».

Штурм Кёнигсберга начался в 9 часов утра мощной артподготовкой, затем, в 12 часов, под прикрытием огневого вала в наступление пошли пехота, танки и самоходные орудия. Согласно плану, основные силы обходили форты, которые блокировались стрелковыми батальонами или ротами при поддержке самоходных орудий, подавлявших вражеский огонь, сапёров, использовавших подрывные заряды, и огнемётчиков.

Большую роль в штурме города и крепости Кёнигсберг сыграли штурмовые отряды. Они состояли из стрелковых рот, нескольких артиллерийских орудий калибром от 45 до 122 мм, одного или двух танков или самоходных орудий, взвода станковых пулемётов, миномётного взвода, взвода сапёров и отделения огнемётчиков.

Немцы оказывали упорное сопротивление, однако к исходу дня советская 39-я армия вклинилась в оборону противника на несколько километров и перерезала железную дорогу Кёнигсберг — Пиллау. 43-я, 50-я и 11-я гвардейская армии прорвали первый оборонительный обвод. Спустя два дня советские войска захватили порт и железнодорожный узел города, промышленные объекты и отрезали гарнизон Кёнигсберга от земландской группировки немцев.

Гитлер отдал кёнигсбергскому гарнизону строжайший приказ — удерживать крепость до последнего солдата. Специальные отряды эсэсовцев и гестаповцев расстреливали на месте каждого немецкого солдата или офицера, который пытался самовольно оставить позиции или сдаться в плен.

8 апреля гитлеровским войскам было предложено сдаться. Они отказались и продолжили сопротивление. Некоторые части гарнизона попытались отступить на запад, но были перехвачены советской 43-й армией.

После массированной бомбардировки и штурма крепости 11-й гвардейской армией, 9 апреля 1945 года немецкий гарнизон капитулировал по приказу коменданта города и крепости Кёнигсберг генерала от инфантерии Отто Ляша, подписавшего акт о капитуляции. За это Гитлер «в бессильной ярости» заочно приговорил Ляша к смертной казни.

10 апреля были в основном ликвидированы последние очаги сопротивления немцев в Кёнигсберге. На «Башне Дона» было водружено Знамя Победы.